Quina és l'ordre del volum?

La volum L' ordre controla la visualització dels mapes de densitat i altra dades de volum , I.e. , els valors associats amb punts en una graella 3D. La model- spec Pot ser un número de model específic o interval de números de model (preced per #), o la paraula tot per indicar tots els models de volum. La model- spec Es pot ometre per certes opcions que poden o s' han d' aplicar globalment, és a dir triable i diversos dels Opcions de mostreig i mida .

La interfície gràfica corresponent. Visor de volum , Permet ajustar els nivells del contorn i alguns altres arranjaments interactivament. Els nivells de manteniment també es poden canviar interactivament amb els Mode del ratolí per Nivell del contorn o s' està finestrantThe role of the transaction, in present tense .

L' ordre Canals de volum (folificat per un model- spec , tal com està en l' exemple Dalt ) agrupa els models de volum especificats en una sola Multicanal conjunt de dades, a on canviar l' estil de visualització, mida de pas, límits de cultiu, o mostra l' avió d' un canal en el Visor de volum interfície o amb el ratolí Canvia per a tots els canals del grup. Els canals s'agrupen com a submodels d'un model de nivell superior. L' arranjament dels canals individuals encara es pot canviar independentment de altres opcions de la volum ordre.

L' ordre Arranjaments del volum (opcionalment seguit per un model- spec ) informa de l' arranjament actual de la visualització del volum en Registre . Veure també: info

La volum L' ordre té moltes més opcions, Aquí s' agrupen en categories:

• tanca imatge de la superfície de la superfície Tanca els submodels amb estil de visualització superfície (incloent ambdues superfícies i mish) o imatge .

• triable true false false Si un model de volum ha de ser seleccionable amb el ratolí (iniciat per defecte cert ). Aquesta opció es pot aplicar als models individuals, però si el model s' omet l' especificació, l' arranjament és global i s' aplica a tots Models de volum, incloent els que s' han obert més tard en la mateixa sessió.

• nivell Nivell de llindar Posa un Llindar per a cartejar els valors de dades a la pantalla. Es poden donar múltiples vegades en la mateixa ordre per a múltiples nivells de contorn en el mateix volum de dades.

Per superfície i malla Mostracions, Nivell de llindar és un sol número, el nivell del contorn de la superfície. Aquest coincideix amb l' emplaçament horitzontal en un histograma de l' histograma Interfície gràfica. Per ajustar el nivell del llindar automàticament de manera que el contorn tanca un volum espacial especificat, Veure la vlume inclòs i Tancament ràpid Opcions.
Per imatge Mostracions, Nivell de llindar consisteix en dos nombres separat per coma (sense espais). El primer número indica un valor de dades i el segon número indica que una intensitat va des de 0. 0 a 1. 0. Aquestes correspon a la posició horitzontal i vertical, respectivament, en un histograma de la interfície gràfica.

Els nivells de llindar es poden ajustar interactivament arrossegant- los Visor de volum histograma o usant la Mode del ratolí per Nivell del contorn o s' està finestrantThe role of the transaction, in present tense a la finestra gràfica.

Múltiple nivell i color Les especificacions es poden incloure en una sola ordre. Si s' especifica un color però no hi ha nivells, el color s' aplica a tots els existents Nivells i esdevé el color per omissió pel model de volum. Si els nivells es donen, però no hi ha color, s' usa el color per omissió actual del model pels nivells, i tots els nivells antics són eliminats. Si es dóna un color i un o més nivells, aquest color s' aplica a tots Nivells però no es converteix en el color per omissió. Si no, si s' especifiquen múltiples colors, ha d' haver- hi un nombre igual dels nivells especificats a l' ordre, o sense especificacions de nivell, excepte a El nombre de nivells pre-existents. Nivells i colors s' aparellen en l' ordre donat, però no han de ser interdeixats; Tan sols l' ordenació de cada tipus d' especificació (els nivells o colors) És important. Si s' especifiquen múltiples colors per a múltiples pre- existents Nivells, s'emparellen en ordre de creixent valor de nivell.

• lluminositat valor Escala la intensitat de la brillantor color (per omissió 1, 0 ). Un valor més gran de 1. 0 pot ser usat, però el color RGB Els components multiplicats pel valor es fixen a l' interval 0. 000001. 0.

Per superfície i malla Mostra, transparència és la fracció de la llum transmesa per darrere de la superfície o d' una línia de malla (per omissió 0, 0 ). Per omissió. Aquests objectes són enfosquits com es fan més transparents (mireu Contratrancia enfosquida .) Veure també:
Per imatge Mostra, aquesta opció dóna la gruixor (com una fracció de la dimensió més curta del conjunt de dades, interval 0. 000001. 0, per omissió 0, 5 ) que dóna la transparència indicada pel llindar Alçada de l' histograma (L' histograma) Detalls... ). Per omissió, es fan més transparents els voxels (mireu TransüdorVoxels ).

• canvi imatge de la superfície de la superfície La canvi l' opció només és necessària per canviar l' arranjament d' una Estil de visualització ocult quan un model de volum té les dues superfície (Greixa i/o mesh) i imatge Submodels. S' aplica a l' arranjament especificat amb nivell , rmsLevel , sdLevel , color , lluminositat , i Transparència . Si canvi no s' usa. L' arranjament s' aplica a quin estil es mostra actualment.

• vlume inclòs volum Estableix automàticament superfície o malla Nivell de llindar a tancar el especificat volum a les unitats de distància cubades ( p.g. , ÅCity name (optional, probably does not need a translation) 3 Si l' espaiat de la graella s'expressa a Å). Es poden especificar models de volum múltiples en la mateixa ordre per a fer- los isò superfícies tancats en el mateix volum especial. El nivell està determinat per un procediment iteratiu. En cada iteració, La densitat valor a mig camí entre la part superior i els límits inferiors s'han provat. Si el volum resultant és més gran (més petit) que l'objectiu, aquest valor mig es converteix en el nou límit (per). En la primera iteració, els límits superiors i inferiors són el màxim i valors mínims en el mapa. La iteració s'atura quan la El volum actualment tancat difereix de l' objectiu amb menys de 0. 001 de l'objectiu o 30 iteracions s'han fet. La Tancament ràpid opció És semblant però utilitza una aproximació no identificativa. Veure també: Regeries alini , volum de mesura

• Tancament ràpid volum Estableix automàticament superfície o malla Nivell de llindar a tancar el especificat volum a les unitats de distància cubades ( p.g. , ÅCity name (optional, probably does not need a translation) 3 Si l' espaiat de la graella s'expressa a Å). Es poden especificar models de volum múltiples en la mateixa ordre per a fer- los isò superfícies tancats en el mateix volum especial. El nombre de punts de la graella a tancar és estimat dividint l' objectiu volum del volum d' una cel· la de graella, i després el nivell corresponent a aquest nombre de punts s'estima preparant els valors de dades en 10.000 bins de la mateixa amplada i identifica el contenidor de valor que ha assolit (cumulatiu) aquest nombre de punts. La vlume inclòs opció és similar però utilitza un procediment iteratiu amb una exactitud augmentativa Amb el cost de l'augment de temps de càlcul. Veure també: Regeries alini , volum de mesura

• Calculeu pilesSur true Turtent fals Si forçar a calcular una superfície de volum immediatament que a la següent actualització del marc gràfic. Establir aquesta opció per a cert pla en un volum ordre que modifica geometria de la superfície (per exemple, establir la nivell ) es necessita quan una altra ordre que hauria d' usar la geometria de la superfície s' afegeix amb un separador de punt i coma, el qual indica que no s' actualitza cap marc gràfic entre les ordres. Veure: Fitxers d' ordre ChimeraX

• step N ValparaísoCity name (optional, probably does not need a translation) Nx, Ny, Nz Els valors Pas indiquen densitat de mostreig; un pas d' 1 vol dir que s' usen tots els punts de dades per generar la pantalla, Mentre 2 vol dir que cada punt de dades es pren a cada eix. Les mides de pas han de ser enters. Si es proporciona un número individual, és Emprat en totes tres direccions; si es proveeixen tres números (separats per comes però no espais), ells S'utilitzen en les direccions X, Y, i Z, respectivament. El canvi d' un valor de pas canviarà la mida de les dades per automàtic Ajust de pas (mireu voxelLimit ). Veure també:

• dataCacheSize mida Estableix quant de memòria al Mb s' hauria de dedicar a les dades de volum (per defecte és la meitat de la memòria física de l' ordinador). Una memòria cau pot millorar el rendiment, atès que l' accés Les dades de memòria cau són més ràpides que llegir- les des del disc. Els valors de dades mostrats menys recentment es purgan per mantenir l' especificar mida . El cau de dades només compta amb un 1/3 a 1/2 de la memòria usada en veure dades de volum, com és la memòria addicional ocupat per superfícies i matrius de color.

• regió Tots els kuzythailand. kgm i1, j1, k1, i2,j2, k2 Mostra el conjunt de dades complet (especificat amb tot ) o la regió de dades amb índexs de graella i1=23i2 A llarg de l'eix X, j1 192j2 Al llarg de l'eix Y, i k122k2 Pel llarg de l'eix Z. Els índexs de la graella s' han de separar per comes però no els espais. Els índexs de la graella comencen a zero. Veure també: , el volum de l' escapçat Mode del ratolí

• origen x, y,z Posa l' origen de la graella a les coordenades x, y,z (números separats Per comes però no espais).

• sourceIndex i,j,k Posa l' origen de la coordenada (0. 0, 0) a índexs de graella i,j,k (números separats per comes però no per espais). Es permeten valors fraccionals i negatius, com que l' origen no és Es necessita per a coincidir amb un punt de graella o fins i tot per a caure dins de la graella.

• voxelSize S ValparaísoCity name (optional, probably does not need a translation) Sx, Sy, Sz Mida Voxel indica l' escala del conjunt de dades, l' espaiat de punts en unitats de distància. Si es proporciona un número individual, és Emprat en totes tres direccions; si es proveeixen tres números (separats per comes però no espais), ells S'utilitzen en les direccions X, Y, i Z, respectivament. La graella està ancorat a l' origen de coordenades ( sourceIndex Encara no hi ha canvis).

on sortida és la traducció al llarg de la Eix per Subunit. angle La rotació en graus per subunt, i n és la quantitat de còpies total (incloent l' original) El segment resultant de l' helix infinit ha de contenir. El enter Desplaçament (per omissió 0 ) permet estendre l' helix en Les dues direccions. L' exemple anterior donaria n = 6 còpies total, amb dues còpies en la direcció de l'eix negatiu, un a la posició de la identitat, i tres en la direcció de l'eix positiu.
on n és la quantitat de còpies total (incloent l' original) El resultat hauria de contenir. La traducció es pot expressar com a Distància Al llarg de la Eix o com a vector x, y,z en el Sistema de coordenades de referència .
El producte dels grups simetria, que s' especifica com es descriu a dalt i separats per * per indicar multiplicar cada matriu simetria d' un grup amb cada matriu simetria d' un altre, es pot generalitzar a múltiples grups simetria (no només dos)

• centreIndex [ i ValparaísoCity name (optional, probably does not need a translation) i,j,k ] Especifiqueu el centre de simetria en coordenades de la graella, donat com a únic valor o tres valors separats per comes només. Els índexs de la graella comencen a zero. Els valors fraccionals i negatius es poden utilitzar. Si es dóna un únic valor, S'utilitza com a coordenada- se de la graella amb tots els tres eixos. Aquesta opció sobreescriu centre .

• avions Eix [, engega [, Final [, Increment [, profunditat ]]]]] Mostres seqüencialment profunditat Els avions es gruixen al llarg de la dades especificades Eix ( x , y , o zunit description in lists ) començant des de índex engega i reposicionar la col·laboració amb Increment Unitats de la graella per marc fins que l' índex al següent marc Sobrepassada Final . Els índexs es refereixen al primer pla mostrat a l' eix. Si només es dóna l'eix, hi ha un sol pla al centre del regió actual Es mostrarà. Si no Final es proporciona, només es mostrarà una sola col· laboració. El valor per omissió Increment i profunditat Ambdós són 1 . Només avions que són múltiples de les mida de pas Es mostrarà, i la profunditat Es refereix al nombre d'avions Mostra en lloc d' un interval d' índex de graella. Encara que un Increment Es pot especificar més petit que la mida de pas, a cada marc s' arrodoneix l' índex de la graella a un múltiple de la mida del pas, resultant en el mateix avió en què es mostra Més d'un marc. Per evitar això, canvieu la mida del pas a 1 abans o especifiqueu engega , Final i Increment valors consistent amb la mida actual del pas. La engega , Final , Increment , i profunditat Els paràmetres poden ser números en coma flotant. Per exemple, un Increment de 0, 25 amb mida de pas 1 es mostrarà cada Pla per 4 marcs. Veure també: topografia , , el Mou els avions Mode del ratolí , Peces de volum

Muntant el cursor sobre una pantalla d' un sol avió mostra els índexs voxel i el valor de dades en un globus emergent.

• othoplanos xz xyz yz zz z xz=z@ info: credit [ posicióPanes i,j,k ] Mostra els avions perpendiculars a les X, Y, i/o Z destrals de dades dins de regió actual . Si tan sols es mostra un sol pla abans, serà expandit per definir la regió. La posicióPanes opció especifica les localitzacions d' avió al llarg dels eixos per índexs de graella enters (per omissió 0, 0, 0 o els índexs més baixos de la regió actual ). Els avions Ortogonals utilitzen automàticament els imatge Estil de visualització , Opac Mode de color , i un Resum , Tot i que aquests poden ser anul· lats amb les opcions corresponents de l' ordre. Activant els avions ortogonals desactivat Restaura la auto8 Mode de color . Veure també: , el Mou els avions Mode del ratolí

• Factor suauName f Fins on moure cada vèrtex quan Afegiment de superfície Està establert a cert. En cadascun Iteració , cada vèrtex es mou una fracció f (regant des de 0. 0 a 1.0, per omissió 0, 3 ) de camí cap a la posició mitjana dels vèrtexs connectats-hi per triangles.

• Accessions suaus true Turtent fals Activa l' antialiàsing a les línies suaus en les pantalles malles. Línies amb Transparència > 0. 0 pot Només es pot suavitzar quan Contratrancia enfosquida És cert. Un efecte secundari de l' antialiàsing OpenGL és que meles dens Mira més brillant d'alguns punts de vista i fosca d'altres, depenent de la L'ordre en què es dibuixen les línies.

• squareMeshCity name (optional, probably does not need a translation) cert false false@ item/ plain filesystem name Mostra només un subconjunt de les línies en el mesh triangular. Línies a la plaça mish mostren la intersecció de la XY, YZ, i els avions de graella XZ amb la superfície del contorn.

• meshLighting cert false false@ item/ plain filesystem name Fes que l'interior d'un volum mesh-en tancar sigui més feble que l'exterior per variable la brillantor d' acord amb l' angle Entre cada punt de superfície normal i la línia de visió. La brillantor és màxima quan la mida de l' exterior és normal és paral· lela a la línia de visió i apunta a l' usuari (vegeu més sobre la definició de wardwardwardwardwardwardwardwardwardwardwardwardwardwardwardwardward, sota transclèrmals ). Quan aquesta opció està desactivada, la brillantor no varia amb l'angle entre la línia normal i la de la vista. Veure també: material

• Dues caresLightCity name (optional, probably does not need a translation) cert false false@ item/ plain filesystem name Llums ambdós costats de les superfícies. D' altra manera, només s' il· luminarà el volum de tancament de la superfície (vegeu-ne més en la definició de l'Ytttuta-Korchon sota transclèrmals ). La lluminositat de cada costat il· luminat varia d' acord amb l' angle entre un punt de superfície normal i la línia de la vista; La lluminositat és màxima quan la normal és paral· lela a la línia de visió.

• transclèrmals cert false false@ item/ plain filesystem name Mostra la superfície afecta quan Dues caresLightCity name (optional, probably does not need a translation) Està establert a fals. Mostra mish quan meshLighting Està establert a cert. Quan transclèrmals És cert. El costat cap a valors més grans o més positius es tracta com a fora per negatiu Llindars i el costat cap a valors menors o més negatius és tractat com a fora per positiu Llindars (no apropiada per a les dades en les quals el signe és significatiu, tal com potencial d'electrostàtic ). Quan transclèrmals és fals. el costat cap a dades menors o més negatives Els valors sempre són tractats com a fora.

Slaminat slab PORTa una esbada de les dades a qualsevol angle relatiu als eixos de dades, amb opcions addicionals:
Eix d' escombrat vector- spec ValparaísoCity name (optional, probably does not need a translation) la orientació slab expressada com un vector perpendicular a la slab
SENEBLEConstellation name (optional) d Posició de l' equador a través de l'eix, on d és el producte interior del vector p (un punt a la slab) i el vector dels eixos: d = ( p , Eix )
IncliditSblanePlanecomportugal_ provinces. kgm N ValparaísoCity name (optional, probably does not need a translation) Espès en nombre d'avions
Interlineat s Espaiat de l' avió Hongria a l'Å

Normalment, la interfície gràfica s'utilitzaria en comptes de les ordres: Mapa Icones o el Visor de volum El menú estil de visualització s' usarà per canviar el mode d' imatge, i en el Slaminat slab Mode, l' orientació slab s' ajustaria amb la gira slab Mode del ratolí , Desplaçament slab amb o bé el gira slab Botó + Majús o la Mou els avions Mode del ratolí , i espès amb la volum de l' escapçat Mode del ratolí . Entrada realitat virtual , the gira slab mode Les dues es poden girar i traduir-la al llarg del seu eix. La recta inclinació inicial és perpendicular a la recta de la vista, amb el centre al centre de la regió actual , Espès fixat a 1/5 dels avions a la regió actual X, Y, o Z (el que menys sigui), i espaiat igual a la més petita de les X, Y, o l' espaiat Z de la graella de dades.

• Color de suport color- spec Especifiqueu un color de suport (per defecte) cap ) per renderitzar- lo quan la Mode d' imatge és regió completa o Slaminat slab . Un color fosc com el negre Pot millorar la visibilitat de les dades quan la Color de fons és blanc o un altre color clar.

Mostra només els avions perpendiculars a un eix de dades (2d- x, 2d- y, o 2d- z) usa menys memòria que el canvi automàtic als que estan al llarg de l' eix de dades més perpendiculars a la pantalla d' un donat Temps (2d- xyz). L' arranjament automàtic usa 2d- z per a volums amb un aspecte alt Relació (segona dimensions de caixa més llarga com a mínim 4 vegades la caixa més curta Dimensió), en cas contrari en 3D. El mode 3D evita saltar en la lluminositat durant la rotació contínuament generant avions perpendiculars a la línia de visió, espaiada D'acord amb la Interlineat amb avió Opció. Veure també:

• mapa de color ExteendRight cert false false@ item/ plain filesystem name Els llindars i les línies de connexió a cada histograma defineixen una Funció de transferència que traça els valors de dades als colors i les intenitats. Aquesta opció especifica si la funció s' ha d' ampliar horitzontalment des del llindar més a la dreta fins al valor màxim de dades a la dreta de l' histograma (per defecte) cert ).

• mapa de color Exteend left true Turtent fals Els llindars i les línies de connexió a cada histograma defineixen una Funció de transferència que traça els valors de dades als colors i les intenitats. Aquesta opció especifica si la funció s' ha d' ampliar horitzontalment des del llindar de l' esquerra al valor mínim de dades a la lluny esquerra de l' histograma (per defecte) fals ).

• mapa de color OnGpu true false false Si el mapatge de valors de dades de volum als colors S' ha de fer a la GPU (si és cert) o CPU (si és falsa). El valor per omissió és cert DICOM , Si no és fals. Un mapa de colors amb la GPU és més ràpid però fet cada cop que es dibuixa l'escena, Mentre que el mapa de color amb la CPU només es fa quan els colors canvien. Mapa de colors amb la GPU també pot donar una aparença millor i menys sorollós perquè Els valors de dades en comptes dels valors de color resultants són interpollats.

• mida del mapa de color N Especifiqueu la mida de la taula de cerca de color (per defecte 2048 ) per mapa de color a la GPU (qualsevol tipus de dades) o a la CPU amb dades en coma flotant. Per a dibuixar el color a la CPU amb les dades de mapa de 8 bits o 16 bits, aquest valor s' ignora i es fan servir 256 i 65536 de manera que cada valor de dades tingui el seu propi color.

• fullRegionOnGpu true false false Si mantenir les dades (o colors, si mapa de color OnGpu és fals) per a la regió completa de volum de la GPU per a permetre l' escapçat ràpid. El valor per omissió és cert DICOM , Si no és fals. És millor usar aquesta opció amb mapa de color OnGpu cert; En cas contrari, l' actualització dels colors de la regió completa encara que només quan una regió més petita es mostra que s' ha de fer un rendiment lent significativament.

• GixetOnGpuCity name (optional, probably does not need a translation) true Turtent fals Si es mostren o no el color de la imatge Dades multicanal S' ha de fer a la GPU (si és cert) o CPU (si és així fals ; per omissió). La mescla de colors de la GPU és una ordre de magnitud més ràpida.

• Projecta màxima d' inversió true Turtent fals A cada píxel, mostra el valor de color més intens Amagant els píxels al llarg de la línia de visió. Les intencions màximes dels components vermell, verd i blau són S' ha determinat per separat, i la transparència s' ignora. Aquesta opció pot ser útil per millorar els detalls. Efectes nofísics Pot provocar, però normalment no són gaire notables; s' inclouen exemples La desaparició d'un lloc enfosquit quan passa davant d'un punt més brillant. i la simulació d' un sol lloc quan els valors màxims de diferents components de color sota el mateix píxel, en realitat vénen de llocs diferents.

• Correcció bt true Turtent fals Corregeix la brillantor i la transparència per l' angle de visualització. Sense aquesta correcció, la lluminositat i transparència aparent de les pantalles d' imatge (en Modes de projecció diferent a 3d) Dependrà de l' angle de visualització relatiu als eixos de dades. Per a un volum en forma de cub amb una resolució igual a la X, Y, i Z dimensions, la lluminositat baixa i la transparència augmenta amb un factor de 3 1/2 S' ha canviat l' angle de visualització des de qualsevol eix al llarg del cub diagonal. La correcció de la lluminositat renovant això, però el temps de renderització doble.

• Memor de text mínim true Turtent fals Torna a usar una sola textura en 2D per a mostrar una imatge (in Modes de projecció diferent a 3d) enlloc de localitzar- lo textures separades per cada pla de les dades. Això és útil. per veure grans conjunts de dades que d' altra manera no es mostraran, però pot degradar la resposta interactiva.

• Inscripció lineal cert false false@ item/ plain filesystem name Brillantor i transparència linealment interpollate entre els voxels en els espectacles d' imatge. Desactivar la magnificació pot donar una aparença amb píxel però representador de velocitats, depenent del maquinari gràfic.

• aparença Nom de l' ambient Aplica una aparença d' imatge ambient , una col· lecció definida prèviament de l' arranjament de visualització pels mapes de la imatge Estil de visualització . La Nom de l' ambient Les marques de citació haurien d' estar tancades si conté espais. Veure també: Referència de ChimeraX DICOM

Inclouen els ambients disponibles:

aproxima aproximadament Implementació de l' arranjament des de la HorosCity name (optional, probably does not need a translation) i MRIcroGL programes per a visualització d' imatges mèdiques i anàlisi:
cervell Groc▁yellow per al teixit gras i similar, blanc d' intensitat creixent per al cervell fins a l'os, blau per a l'os compacte
IniciadaNoun, a list of items íemz (re) a partir de la Nivells de llindar i colors S' han escollit automàticament per a les dades en mostrar primer lloc com a imatge, amb TransüdorVoxels true, generalment útil per avions O escanes primes. DICOM Les dades es mostren inicialment com a imatge amb llindars: (101000, 0),(300, 0. 9),(000, 1).

Aquests ambients definits per l' usuari es desen en el preferències per a l' aplicació posterior amb la aparença Opció. ambients integrats (incloent- hi aquells disponibles via Icones, Veure Dalt ) es pot redefinir, però Āsfordant-se d'energies personalitzades amb nomForget Tornaran a les seves definicions integrades.

la paraula des de nivells , significa escalar cada mapa per 1/ nivell , on nivell és la superfície més alta Llindar ( Nivell de sortida) d' aquest mapa; Cada mapa ha de tenir una superfície amb un nivell no nul

El nou mapa es pot crear a la graella d' un altre mapa especificat amb onGridCity name (optional, probably does not need a translation) , on mapa de graella és un número de model anterior per #. Si mapa de graella no s' ha especificat, per omissió és el primer en inspir (el primer dels mapes a afegir). Els mapes d'entrada es tornen a mostrar a la graella per la magnificació trilineal. i els valors resultants resumides per a cada punt de graella. El reampament de notes causa una pèrdua en resolució ( Detalls... ). Més opcions relacionades amb mapa de graella :

Espaiat ANNUITY usa un espai de graella o coarser; si es proporciona un valor de distància únic, és Usat al llarg de tots tres eixos; si es proveeixen tres valors (separats per comes però no espais), ells S'utilitzen al llarg de la X, Y, i els eixos Z, respectivament. Usar una graella més fina redueix la pèrdua de resolució des de la reampliment ( Detalls... ).
FrisingGridCity name (optional, probably does not need a translation) ARTE si s' ajusta (exteend o encongeix) la graella de mapa de graella per a limitar els mapes d' entrada (per omissió) cert quan s' afegeixen mapes sense especificar un mapa de graella , d' altra manera fals )
rawStepComment crypta si s' ha d' usar la resolució completa de mapa de graella ( mida de passa 1 , per omissió) o bé s' ha especificat subsample (mida de passa > 1). Les mides de pas han de ser enters. Si es proporciona un número individual, és Emprat al llarg de tots tres eixos; si es proveeixen tres nombres (separats per comes però no espais), ells S'utilitzen al llarg de la X, Y, i els eixos Z, respectivament.
GraellaSubregion quan s' usa l' extensió complerta de mapa de graella ( tot , per omissió) o subregion especificat per: índexs de la graella i1=23i2 A llarg de l'eix X, j1 192j2 Al llarg de l'eix Y, i k122k2 Pel llarg de l'eix Z. Els índexs de la graella s' han de separar per comes però no els espais. Els índexs de la graella comencen a zero.

La tipus de valor Per omissió al tipus actual de la onGridCity name (optional, probably does not need a translation) mapa (si n' hi ha), altrament primer en inspir , i pot ser de 8, 16, o un enter signat de 32 bits ( int8unit description in lists , int16unit description in lists , o int32unit description in lists ), 8, 16, o enter sense signe de 32 bits ( uint8 , uint16City name (optional, probably does not need a translation) , o uint32 ), o 32 o 64 bits en coma flotant ( Flotat32 o Flotant64 ).

Mitjana sobre les cel· les de múltiples punts de graella en el mapa original Per produir un mapa més petit. Proporcionant un únic nombre N (per defecte) 2 ) indica que la partició del mapa en bins de punts de graella NxNxN i ancorat el N 3 Valors per bin per a produir un nou mapa amb 1/N tants punts en cada dimensió. Cel· les amb números diferents de Els punts de la graella en cada dimensió es poden especificar indicant tres enters N x , N y , N zunit description in lists Tan sols separats per comes.

Per a cada marcadors o àtom in Objecte d' àtom , Extraieu un cub de dades circumdant. Si usaMarkerSize és fals (per defecte), la longitud de la vora de cada cub s' ha d' especificar en unitats físiques de longitud amb mida o en unitats de graella amb isize . Si usaMarkerSize És cert. el diàmetre de la seva marca central o l' àtom s' usa com a longitud límit o s' ha afegit a la mida valor si també s' ha indicat (per omissió d = 0, 0 ). La isize L' opció facilita la mida dels cubs Cada marcador, excepte on hi ha un marcador massa a prop del límit del mapa de densitat per obtenir un cub de la mida sol· licitada. Si mida s' usa en lloc d' això, al voltant pot donar les vores que difereixen lleugerament en les dimensions de la graella. La mida del marcador/ atom es pot canviar amb la mida ordre.

Copia tot o una subregió d' un mapa a un nou mapa. La tipus de valor Per omissió és el mateix que el mapa d' entrada i pot ser de 8, 16, o un enter signat de 32 bits ( int8unit description in lists , int16unit description in lists , o int32unit description in lists ), 8, 16, o enter sense signe de 32 bits ( uint8 , uint16City name (optional, probably does not need a translation) , o uint32 ), o 32 o 64 bits en coma flotant ( Flotat32 o Flotant64 ). Les altres opcions es descriuen sota .

Estén un mapa per cobrir els àtoms especificats o per omplir una caixa rectangular, Utilitza simètrics i periòdics. Les dimensions de sortida es poden especificar com a:

caixaAtom Augment dels àtoms especificats més cap extra teclat en cada dimensió ( d és en unitats de distància física, per defecte 5, 0 )
caixa o simplement dimensions individuals x , y , i/o zunit description in lists en el sistema de coordenades X, Y,Z del mapa d' entrada
fbox o simplement dimensions individuals fx etc. en coordenades fraccionals on 0. 0. 0 s' abasta cada dimensió del mapa d' entrada
ibox o simplement dimensions individuals ix etc. a índexs de graella del mapa d' entrada. Els índexs de la graella del mapa d' entrada Comença a 0.

Les dimensions sense especificar es conservaran de la mateixa manera que el mapa d' entrada. La graella de sortida tindrà el mateix espaiat i alineació que la graella de la mapa d' entrada. La mida de la cel· la opció Especifica les dimensions d' unitat a les unitats de graella a les unitats de l' X, Y, i els eixos Z. Les dimensions de la unitat per omissió corresponen a la mida completa del mapa, o per mapes CCP4 i MRC, es prenen de la capçalera. La Utilització d' ús opció indica si s' ha d' usar qualsevol simètrica associat amb el mapa (per omissió) cert ); si és fals, Només s' usarà la diligència d' unitat per a la cel· la. Els mapes es llegeixen des de la capçalera de fitxers CCP4 o MRC, o es pot assignar manualment amb la Simetria l' opció de volum . o automàticament amb mesura simetria .

Els valors de les còpies simetria es determinen per la trilinealació (amb pèrdua potencial en resolució, mireu) Detalls ). On simetries i periliacions donen múltiples còpies del mapa d' entrada Sobrepassant un punt de graella, s' assignarà el valor mitjà. La diferència màxima entre valors des de diferents còpies en un punt de graella Se'ls informarà en el Registre . Si hi ha punts de graella no coberts per simetria o per la cel·la d' unitat, S' enviarà un missatge al Registre , i els punts s' assignaran els valors de 0. 0. Per assegurar la cobertura completa de còpies simetria, La unitat asimètrica del mapa s'hauria d'estendre molt lluny. que les seves còpies simetria s'alimenten d'una quantitat no nul·la. Per exemple, si la cel· la d' unitat és de 100 punts d' amplada de la graella i hi ha dos vegades Simetria al llarg de l' eix X, la unitat asimètrica hauria de contenir Com a mínim 52 punts de graella al llarg de l'eix X. Si tan sols conté 50, els dos Simètric de còpies no s' sobreposen, i els valors en l' espai entre la No es poden determinar les còpies perquè el codi actual no pot interpolar entre diferents còpies del mapa. Si conté 51, les dues còpies tindran un sol pla de punts de graella en comú. Encara que això seria suficient amb l'aritmètica exacta. les còpies encara no s' han pogut sobreposar amb els errors d' arrodoniment inherent en els càlculs de l'ordinador.

Esborra (ajusta als valors a zero, a menys que un diferent nou- valor se l' ha donat amb el valor opció) El mapa mostrat als punts dins d' una esfera de l' especificada centre i radi , o si fora és cert Esborra fora de l' esfera en lloc d' això. Només s' ha de mostrar un mapa únic. Si el mapa es llegeix des d' un fitxer, es generarà una còpia automàticament i es mostrarà (i l' ocult original) de manera que aquesta òmetres tan sols s'aplica a la còpia. Les coordenades del centre s' interpretaran el Sistema de coordenades de l' escena A menys que el Sistema de coordenades de model N s' ha especificat. Veure Esborrador de mapes per col·locar l'esfera interactivament.

Suavitzat els límits d' un mapa emmascarada canviant el valor a cada punt de la graella fora del límit amb la mitjana dels valors dels seus sis veïns més propers, per M iteracions (per omissió 10 ). Tots els punts de la graella amb valors de zero abans de la primera iteració - S'han pres per estar fora del límit. Així s'ha assignat un nou valor a cada iteració. Gràcies a Greg Pintilie per la implementació inicial.

Si la mètodeTag Type és Multipliç (per defecte), Valors d' escala de dades pel factor (a* i + b* j + c* k + d) on jo,j,k són els índexs de la graella i els a, b, s'han calculat zero fora dels primers moments del mapa resultant (fer el seu balanç de massa al centre de la graella). Si la mètodeTag Type és divideix , els valors de dades es divideixen pel factor (a* i + b* j + c* k + d), que és un conjunt de quadrats que s' ajusten als valors de dades del mapa. Per a ambdós mètodes, s' escalaran els coeficients a, b,c, did per fer (a* i + b* j +c *k + d) és igual a 1 al centre del mapa. Si un Programació d' atac s' especifica, el càlcul de els coeficients a, b,c, did tan sols usen els valors de dades de la regió especificada, Mentre que l' operació d' escalat s' aplica al mapa sencer o a la part especificada amb subregió . La Programació d' atac Pot ser l'abast total de les dades ( tot , per defecte) o una subregió especificada per índexs de graella i1=23i2 A llarg de l'eix X, j1 192j2 Al llarg de l'eix Y, i k122k2 Pel llarg de l'eix Z. Els índexs de la graella s' han de separar per comes però no els espais.

Realitza un filtrat gaussià. on MavIndian National weekday 6 - ShortDayName és una desviació estàndard de la funció gaussià 3D en unitats físiques com Å (per defecte) 1, 0 ). Diferents desviacions estàndard al llarg de X, Y, Z es pot especificar com Només tres valors separats per comes. El filtrat gaussià attenua les altes freqüències per suavitzar el mapa; però, el comportament oposat (ampliar les altes freqüències per a definir el mapa) Es pot especificar amb Torna a invertir la veritat . Agudejant amb MavIndian National weekday 6 - ShortDayName Valors més petits que la mida del píxel és més útil; els valors més grans de mida alta, en efecte S'accelera el soroll.

La tipus de valor Per omissió al tipus actual i pot ser de 8, 16, o un enter signat de 32 bits ( int8unit description in lists , int16unit description in lists , o int32unit description in lists ), 8, 16, o enter sense signe de 32 bits ( uint8 , uint16City name (optional, probably does not need a translation) , o uint32 ), o 32 o 64 bits en coma flotant ( Flotat32 o Flotant64 ).

El suavitzat gaussià millora la proporció de senyal a soroll però redueix la resolució. És més ràpid per a mides de dades que són poders de 2, i poden ser molt lents quan està disponible una memòria insuficient. Pot ser útil limitar- se l' entrada a només un subsample o subregió de les dades originals. Tot i que utilitza un mètode de transformació de càlcul ràpid, No fa servir la peridicitat del mapa. Els valors fora dels límits del mapa es tracten com a zero. Veure també:

Captura de filtratphilaci. L'operació Laplaciiana és una suma de les segones derivades. El filtratplaci és útil per a detectar límits, però soroll aplplificable, de manera que pot ser necessari per a realitzar suau com Filtrat gaussià abans. Finte diferències v(i-1) 2* v(i) +v(i+1) al llarg de cada eix s'utilitzen, i els voxels a la vora de la caixa estan fixats a zero.

Calcula la correlació entre dos mapes sobre una caixa lliscant Punts de graella NxNxN, generant un mapa nou assignant el valor de correlació Al centre de la caixa. La caixa lliscant està basada en la graella del primer mapa, i N = 5 Unitats de graella per omissió. Si les graella dels dos mapes d' entrada no coincideixen, els valors de El segon mapa s' interpolatà (amb pèrdua potencial en resolució, mireu) Detalls ). La ▁subtractMeanCity name (optional, probably does not need a translation) opció especifica si restar la mitjana dels valors de la finestra des de cada valor de la finestra abans de calcular la correlació. El mapa de sortida serà N 1]1 més petit en cada dimensió que El primer mapa.

Màscara d' un mapa a una superfície ( Detalls... ). La pantalla completa l' opció indica que es crea la nova map dimensions iguals que les dimensions completes del mapa original, fins i tot si tan sols es mostra una subregió; altrament (per omissió), el nou mapa Es farà tan petit com sigui possible per a tancar la superfície. La teclat opció permet l' extracció d' una regió més gran o petita per movent la superfície un valor positiu o negatiu Distància (en les unitats de distància de les dades, normalment Å o nm) A la superfície les normals abans de crear el volum emmascarada. No obstant això, si la superfície resultant s'interposi, El volum emmascarada no inclourà la intersecció. Per a una extracció més gran, aquest problema es pot evitar per en comptes d' usar- lo extendre opció per moure la superfície A l' exterior per N voxels abans de crear el volum emmascarada. En altres paraules, extendre Inclou els punts de la graella que estan dins N Unitats de la graella (amb la graella X, Y, i els eixos Z) de la superfície original.

La slab opció permet l' extracció d' una base de dades al voltant d' una superfície Capa. Dues superfícies addicionals, desplaçades com s' indica des de l' existent superfície i s' ha unit a les seves vores (si n' hi ha), es calcula però no es mostra. Les dades per a voxels entre les superfícies calculades són retenint. Si un sol valor ( amplada es proporciona), les dues superfícies calculades són desplaçament Al llarg de la normal de la superfície original per ±1⁄2( amplada ). Alternativament, dos valors separats per una coma però no es poden usar espais per especificar els desplaçaments de les dues superfícies independentment. Els valors positius o negatius es poden usar.

La S' està invertir laMana opció permet obtenir el resultat oposat (spatial El complement dels valors i zeros) del que s'hauria obtingut d' altra manera.

La regió entre capes de superfície es calcula al llarg de la projecció Eix (a vector especificat en el sistema de coordenades del mapa, per omissió y ). La direcció dels eixos importa quan la superfície té forats. La sandvitx l' opció especifica incloent només els voxels de volum entre Utilitzant capes de superfície; si és fals, el volum projectava al llarg de l' eix més enllà També s' inclourà una sola capa de superfície. Quan interseguen o hi ha superfícies imbrices, el Adverpillera l' opció indica que s' està retenint la unió dels valors Des de la màscara a cada superfície per separat. Per exemple, si les(s de superfície) inclouen dues esferes concèntriques, Adverpillera cert tornarà els valors per a tots els punts de la graella dins l' esfera més gran, mentre que Adverpillera false tornarà els valors per Només aquests punts en l' intèrpret entre les dues superfícies.

Suavitzat les dades establint cada valor a la mitjana dels valors en una caixa centrada en aquest punt. Valors als punts pels quals La caixa circumdadant s'estén fora de les dades només està establerta a zero. Les dimensions de les caixes s' especifiquen a Unitats de graella amb binSize i ha de ser enters estranys. Proporcionant un únic nombre N (per defecte) 3 ) indica una mida de caixa dels punts de graella NxN. Caixes amb diferents nombres de punts de graella en cada dimensió Es pot especificar el subministrament de tres enters N x , N y , N zunit description in lists Tan sols separats per comes. La iteracions opció indica quants cicles de suavitzats ▁perform (per omissió 1 ).

Morph entre dos o més mapes. La morfina es pot tornar a jugar amb la Barra de desplaçament Interfície gràfica. Per a un resultat raonable, els mapes d'entrada haurien de tenir les mateixes graella: Dimensions, espaiat i nombres de punts. Nota resample de volum Es pot usar per fer una còpia d' un mapa que tingui la mateixa graella que l' altre. Una fracció morbant de 0, 0 correspon al primer mapa i una fracció de 1. 0 Es correspon a l' últim, amb mapes intermedis fins i tot espacials dins d' aquest abast. Hi ha una magnificació suau entre cada parell de mapes adjacents.

La visualització morf procedirà des de Acció d' inici (per omissió 0, 0 ) en passes de Increment (per omissió 0, 04 ) per N marcs (per omissió 25 ). Per omissió ( Sustració 1 ), La direcció inicial de la jugada és de baix a les fraccions altes. Si el nombre de fotogrames i increment de pas són més del que cal per arribar el PlayRaw límits (per omissió és tot l' interval: 0, 00. 0 ), La pantalla morf es farà enrere i endavant. La escalaFactors keyword especifica un multiplicador per a cada mapa ( Detalls... ). La constantVolume opció especifica l' ajust de l' opció Llindar ( Nivell de sortida) Automàticament per a mantenir la constant del volum tancat. La afegeix un mode opció especifica el tractament del segon mapa com a unta per afegir-se al primer lloc en lloc d'interposació lineal entre els dos. No es recomana per a l' entrada de >2 mapes. La hiddenOriginalMaps opció especifica ocultar els mapes d' entrada. La Colors interpollats opció Només s' aplica quan els mapes tenen el mateix nombre de Llindars ( Nivells de sortida per a la visualització de superfície/mesh, Nodes de control de color per a la visualització de la imatge).

La Barra de desplaçament opció (per omissió cert ) mostra una interfície gràfica per a la reproducció morf del volum. El botó de desplaçament es pot arrossegar o s' introdueix directament un número de marc. La interfície també inclou un botó de joc/pause, un valor a incrementar per a la reproducció lenta, i un botó per gravar una pel·lícula ( ). La pel· lícula començarà a la posició actual de la barra de desplaçament, així que per incloure tot el morf, col·loqueu el botó de desplaçament a la part més lluny esquerra abans de clicar el botó de gravació.

El model de morf es crea com un nou mapa (volum). No obstant això, si la modelID d'un mapa de morfina existent, La morf ja s'utilitzarà en comptes d'un nou que s'està calculant.

Crea un mapa de 0 amb valor buit nom del mapa (per omissió nousdefault filter name ) amb el especificat mida (número de punts de graella al llarg de cada eix, per omissió 100 ), Espaiat de la graella en unitats de distància física (per omissió 1, 0 A tot el llarg de cada eix), origen Coordenades (per omissió) 0, 0, 0. 0 ), i cel· lesAngles (per omissió 90, 90, 90 °; Es pot proporcionar un únic valor si s' ha d' introduir la flynel = 2880). La mida i l' espaiat de la graella es poden donar com un únic valor a aplicar Tots tres eixos o com tres valors separats per comes només. Si nom del mapa Inclou espais, s' han de tancar entre cometes. La tipus de valor Per omissió a Flotat32 i pot ser de 8, 16, o un enter signat de 32 bits ( int8unit description in lists , int16unit description in lists , o int32unit description in lists ), 8, 16, o enter sense signe de 32 bits ( uint8 , uint16City name (optional, probably does not need a translation) , o uint32 ), o 32 o 64 bits en coma flotant ( Flotat32 o Flotant64 ). Veure també: el volum d' una màscara

Esborra els valors dins de l' octant positiu (tots els punts de la graella amb X, Y, Z coordenades més grans que el centre). El centre es pot especificar en unitats físiques (com Å) amb centre o en unitats de graella amb iCenter , on els índexs de la graella comencen a zero. El valor per omissió és el centre de la caixa de dades de volum. Les coordenades s' han de separar per comes però no per espais, i les Els valors poden ser fraccionals. iCenter substitueix centre Si els dos se'ls dóna. La Els valors de les regions esborrades s' establiran a valor (per omissió 0 ). Un valor diferent pot millorar l' aparença de la superfície del contorn; Per exemple, els valors negatius grans produeixen superfícies plans on un L'octant s'ha tallat d'un mapa de valors positius.

Crea un mapa amb valors de 1 lligat per una superfície ( Detalls... ). La onGridCity name (optional, probably does not need a translation) opció permet crear el nou mapa a la graella d' un altre mapa especificat pel número de model, mapa de graella , l' ús de qualsevol la seva magnitud completa ( TotalMap true , per defecte) o el més petit Necessitar tancar la superfície ( fullMap false ).

Alternativament (si és onGridCity name (optional, probably does not need a translation) no s' usa):

el vora l' opció indica el lluny de la superfície límit en totes les sis direccions (±X, ±Y, ±Z) per posar la vora del mapa de sortida
el Espaiat opció dóna l' espaiat de la graella pel mapa de sortida en unitats físiques de longitud, normalment Å (per omissió és un 1% del màxim de les X, Y, i Z dimensions de les superfícies lligades. Si es proporciona un número individual, s' usa en totes tres direccions; si es proveeixen tres números (separats per comes però no espais), s'utilitzen a les direccions X, Y i Z, respectivament.

La tipus de valor Per omissió al tipus actual de la onGridCity name (optional, probably does not need a translation) mapa (si n' hi ha), altrament int8unit description in lists ; Les opcions són 8, 16, o un enter signat de 32 bits ( int8unit description in lists , int16unit description in lists , o int32unit description in lists ), 8, 16, o enter sense signe de 32 bits ( uint8 , uint16City name (optional, probably does not need a translation) , o uint32 ), o 32 o 64 bits en coma flotant ( Flotat32 o Flotant64 ). Les opcions restants són les mateixes que es descriuen per Màscara de volum . Veure també: volum nou , Forma

Skeletonize map(s) traçant al llarg dels punts de la graella d' alta densitatitat d'identificar les cartes o estructures filasioses de la densitat. A cada punt de la graella, el valor és comparat amb els valors de tots els punts a la caixa de 3x3x3, i el nombre de quantes direccions (a 13) al llarg del qual el valor és un màxim local s' assigna com a valor d' aquest punt En el nou mapa. La nivell keyword indica una mínim valor en el mapa original de sota a Estableix automàticament el nou valor a 0, essencialment ignorant aquests punts a l'esquelet. El valor per omissió mínim és la pantalla més baixa Llindar ( Nivell de sortida) en el mapa original. Visualitzar el nou mapa esquelet amb un llindar De sis-10 ressaltats les funcionalitats com les de les novel·les en el mapa original.

Torna a mostregar valors a una graella diferent usant la magnificació trilineal. La reducció causa una pèrdua en resolució ( Detalls... ). S' ha de proporcionar una o dues opcions següents:

Usa la graella d' un altre mapa especificat amb onGridCity name (optional, probably does not need a translation) , on mapa de graella és un número de model anterior per #
Usa un fir o coarser Espaiat dels punts de la graella; si es proporciona un valor de distància únic, és Usat al llarg de tots tres eixos; si es proveeixen tres valors (separats per comes però no espais), ells S'utilitzen al llarg de la X, Y, i els eixos Z, respectivament. Usar una graella més fina redueix la pèrdua de resolució des de la reampliment ( Detalls... ).

Els valors de les majúscules afegint- hi un constant (per omissió 0, 0 ), Valors d' escala per un factor multiplitiu f (per omissió 1, 0 ), i/o les posa a un tipus de valor de dades diferent. Quan els valors són canviats i escalats, primer s' aplica el torn. Dues opcions de normalització calcula un factor d' escalat de les dades:

rmsunit description in lists Valors d' escala de l' eclíptica a fer nous- rms = ((íemç) x 2 )/ N) 1⁄2 on x cada valor i N és el nombre total de valors
sdunit description in lists Turtech primer canvi, de manera que la mitjana sigui 0.00. Llavors els valors d' escala a fer nou- puntd-dev = ((íemç) x 2 )/ N) 1⁄2

Si un Factor f També s'ha especificat, s'aplica l'últim. La tipus de valor Per omissió al tipus actual i pot ser de 8, 16, o un enter signat de 32 bits ( int8unit description in lists , int16unit description in lists , o int32unit description in lists ), 8, 16, o enter sense signe de 32 bits uint8 , uint16City name (optional, probably does not need a translation) , o uint32 ), o 32 o 64 bits en coma flotant ( Flotat32 o Flotant64 ).

Divideix un mapa amb les zones de color prèviament acolorit Zona de color . S' ha creat un mapa nouName per a cada color diferent i per a la zona kolabuncolored Saratoga (qualsevol part del mapa original no està dins d' una zona de color). Valors fora de les respectives zones estan establertes a zero. Els nous conjunts de dades es creen com a submodels d' un model nou El nom d' un nom que afegeix entre Mr. XXXBrithon a nom del mapa original. Veure també: Mapa de segments

Resta els valors de altre mapa des de mapa , ambdós especificats per El número de model anterior per #. La escalaFactors L' opció especifica els multiplicadors per als dos mapes, bé:

f1 i f2unit description in lists per mapa i altre mapa , respectivament, separat per una coma però no un espai
la paraula des de nivells , significa escalar cada mapa per 1/ nivell , on nivell és la superfície més alta Llindar ( Nivell de sortida) d' aquest mapa; Cada mapa ha de tenir una superfície amb un nivell no nul

Alternativament a usar escalaFactors , si minRms És cert. altre mapa Ho serà Escala automàticament per minimitzar la suma quadrada de root Valors resultants (subdestrats) als punts de la graella dins del contorn més baix del altre mapa .

El nou mapa es pot crear a la graella d' un altre mapa especificat amb onGridCity name (optional, probably does not need a translation) , on mapa de graella és un número de model anterior per #. Si mapa de graella no s' ha especificat, per omissió mapa . Els mapes d'entrada es tornen a mostrar a la graella per la magnificació trilineal. i els valors resultants restaven per a cada punt de la graella. El reampament de notes causa una pèrdua en resolució ( Detalls... ).

Els arguments restants són tal com es descriuen Dalt per volum add , Només això. FrisingGridCity name (optional, probably does not need a translation) Sempre per omissió fals . Quan la resta d'un mapa sense signe pot donar nombres negatius, el tipus de valor s' ha d' usar l' opció per especificar un tipus de dades signades Pel resultat.

Crea un volum d' un únic avió amb talls tiling d' un volum especificat perpendicular a l' especificada Eix (per omissió zunit description in lists ). L' espaiat de talls en unitats de graella (per omissió 1 ) és donat amb la p stepunit description in lists keyword. La retall keyword indica que cada tall s' ha de retallar a totes les quatre vores de i Unitats de la graella (per omissió 0 ). Les talles estan disposades en un sol avió amb nombre de files runit description in lists i nombre de Columnes cunit description in lists . Si no es proporciona el nombre de files ni el nombre de columnes, es proporcionaran Es calcula que es produeixi tan prop d'un quadrat com sigui possible. Si un o S' ha proporcionat l' altre, s' ajustarà el paràmetre restant per ajustar- se El nombre total de talls. La fillOrder arranjament (per omissió Ulhstar name ) especifica el patró tiling, Incloent la cantonada d' inici, la direcció tiling (horitzontal o vertical), i si invertir l'ordre de les capes. Els dos primers caràcters especifica la cantonada per a la primera fitxa, el primer caràcter que s' està uunit description in lists per superior o lunit description in lists per baix i per segon ser lunit description in lists per a l' esquerra o l' esquerra runit description in lists Per la dreta. Aquestes adreces s' han definit amb l' especificada Eix apuntant al visualitzador i els dos eixos restants que apunten i correcte. El tercer caràcter és h per al tiping horitzontal o v Per al raling vertical. El quart caràcter opcional runit description in lists indica que l'ordre dels talls s'hauria de revertir. El volum resultant El conjunt de dades té la mateixa font i orientació dels eixos que el volum original, i la mida de la graella 1 al llarg de l' eix especificat.

Unir un mapa prop d' un camí format per Marcadors/ enllaços o (equivalentment) àtoms/bonds. La path- spec Hauria de ser un Objecte d' àtom que especifica una sola cadena d' àtoms (marcadors) connectada pels enllaços (enllaçs). La ruta es mapejarà a l' eix Z del resultat. La Y eix l' arranjament indica quin eix de l' existent el volum s' ha de mapejar a l' eix Y del resultat, i es pot donar com a x , y (per defecte), zunit description in lists o qualsevol altre estàndard Especificacions de vector . La Espaiat de la graella s és la separació entre punts de la graella el nou mapa (per omissió és l' espaiat mínim entre els tres eixos de la mapa d' entrada). La mida x xs i y mida ysunit description in lists són Les dimensions X i Y del nou mapa en unitats físiques, normalment Å (per omissió 10 per la nova graella). Es col· loca una "spline" cúbica a través dels punts de ruta i l' entrada el volum està interpotelat en avions perpendicular al camí "spline."

Enganxa una secció cilíndrica buida del mapa en un pla pla. Cilindre Eix (per omissió zunit description in lists ) i centre (per omissió 0, 0, 0 Coordenades ) S' interpretaran en el sistema de coordenades del mapa d' entrada, A menys que s' especifiqui un altre model de referència Sistema de coordenades . Les dimensions dels cilíndrics Es dóna en unitats físiques de longitud, normalment Å: longitud d (per omissió és l' extensió del mapa paral· lel a l' eix cilindre) i interior i radii exterior r1 i r2unit description in lists (per defecte són el 90% del radi més petit i el 110% del radi més gran de la superfície mostrada, respectivament, donada el centre de cilindres i Direcció de l' eix). L' aparició es fa per valors entrellaçats des del mapa original en una graella cilíndrica de punts, i després desajustant la graella cilíndrica en una graella rectangular. La direcció radial es converteix en l'eix X del nou mapa, circumferència de l'eix Y, i l'eix cilindre direcció a l'eix Z. La Espaiat de la graella s és la separació sol· licitada de La graella apunta al llarg de cada eix en el nou mapa (per omissió és l' espaiat mínim entre els tres eixos del mapa d' entrada). L' espaiat actual pot ser lleugerament diferent perquè les dimensions del nou mapa no poden ser exactes múltiple del valor sol· licitat; el nombre de divisions de graella a tot el llarg de cada eix s' escull a donar espai Tan a prop com sigui possible al valor sol· licitat sense ser més petit.

Si novaMap és fals (per defecte), Limita la visualització de la superfície a una zona dins interval runit description in lists (per omissió 3, 0 Å) de qualsevol àtom en Objecte d' àtom i restringeix les Mostra la regió actual del mapa a la caixa que conté la superfície zonada. El corresponent Mapa icona usa un interval Valor sis vegades l' espaiat de la graella del mapa. L' extensió completa del mapa es pot restaurar volum unzone . La S' està invertirThe role of the transaction, in present tense l' opció no està disponible amb novaMap falsa .

Si novaMap és cert , crea un nou mapa on el Els valors dels punts de la graella més enllà de la zona estan fixats a zero, o si S' està invertirThe role of the transaction, in present tense és cert, amb valors dins de la zona establerts a zero. Si Buunds mínims és cert, fa el mapa resultant tan petit com sigui possible mentre s' activi la zona; d' altra manera, la Les dimensions seran iguals al mapa d' entrada. Si IniciApuntos s' ha especificat, s' usen punts espaid s Å apartant-se dels bons A més dels àtoms per a definir la zona. Veure també: Zona de superfície , zona , el zona Mode del ratolí

Opcions noves de l' aplicació

modelID N Obre les noves dades establertes com a número de model N (un enter, opcionalment anteriors per #). El valor per omissió és el número més baix no usat.

step N ValparaísoCity name (optional, probably does not need a translation) Nx, Ny, Nz Si s' ha d' usar la resolució completa de les dades ( mida de passa 1 , per omissió) o un subsample especificat (mida del pas > 1). Les mides de pas han de ser enters. Un pas de 1 indica tots els punts de dades, 2 indica cada altre punt de dades, 3 cada tercer punt, etc. Si es proporciona un número individual, és Emprat al llarg de tots tres eixos; si es proveeixen tres nombres (separats per comes però no espais), ells S'utilitzen al llarg de la X, Y, i els eixos Z, respectivament.

subregió i1, j1, k1, i2,j2, k2 ValparaísoCity name (optional, probably does not need a translation) tot Si usar o no les distàncies completes de les dades ( tot , per defecte) o una subregió especificada per índexs de graella i1=23i2 A llarg de l'eix X, j1 192j2 Al llarg de l'eix Y, i k122k2 Pel llarg de l'eix Z. Els índexs de la graella s' han de separar per comes però no els espais. Els índexs de la graella comencen a zero.

inPlace true Turtent fals Si s' han de sobreescriure el conjunt de dades existent enlloc de Creant-ne una de nova. * No tot Operacions de volumNoun, a list of items Accepta aquesta opció.* Independentment d' aquest arranjament, les dades existents Només se sobreescriurà si s' ha creat a ChimeraX (per exemple, amb una operació de volum anterior) En comptes de llegir des d' un fitxer. En el cas del mapa Afegit , el model a sobreescriure és el mapa de graella (el model de la graella del qual s'utilitzarà pel resultat).

Notes

Torna a augmentar i perdre la resolució . Hi ha una pèrdua de resolució en tornar a utilitzar un mapa en una graella diferent amb magnificació trilineal. L'efecte és semblant a la suavitzat. La quantitat de reducció en resolució depèn la resolució inicial, l' espaiat inicial i final de la graella, La tortura de les dades i el canvi entre les graella. Per exemple, comença amb un mapa de resolució de 6Å amb 2 Å Espaiat de molmap i torna a fer un tomb. una graella (amb el mateix espaiat) va canviar per 1 Å reduir la resolució fins aproximadament 7.7 Å. Començant amb un mapa de resolució de 6 Å. L' espaiat de 1Å i l'ampliament d'una graella desplaçada per 0. 5 Å reduït Resolució a aproximadament 6.4 Å. Es pot especificar la reutilització a una graella més fina amb la Espaiat opció de l'ordre.

Funció de transferència . Per imatge Mostra, els llindars i la connexió de línies a l' histograma defineixen una Funció de transferència que traça els valors de dades als colors i les intenitats. Per a cada voxel, el valor de dades és comparat amb els llindars de l' histograma. Els colors i les intensitats del llindar més proper a un valor inferior de dades (a l' esquerra) i el llindar més proper a un valor més alt de dades (a la dreta) És linealment interpotelat. El color està definit per components vermell, verd, blau i opacitat. La intensitat en un llindar s' escala més per la seva posició vertical, on 0 és la part inferior de l' histograma i 1 és la part superior. A menys que la funció sigui ampliada horitzontalment al valor màxim i/o mínim, voxels amb valors de dades més grans que el llindar de la més dreta o menys que el llindar de l'esquerra són sense color ni transparent del tot. El temps de renderització no depèn de les posicions dels llindars. però augmenta amb un nombre més gran de llindars.

La volum ordre Transparència l' opció dóna la gruixda (expressat com una fracció d'un conjunt de dades a través de la seva dimensió més curta) pel qual la transparència o la fracció de les coincidències transmesos de llum T histograma . Les pantalles d' imatge es mostren com a pila d'avions. Si s' ha especificat la gruixor de la esbossió Transparència conté p avions, el següent dóna la transparència per píxel En cada avió:

T píxel = T histograma (1/ p )

Ordre dels bytes . Diferents ordinadors desen els bytes d' un únic valor numèric Ordres diferents. Els processadors del PowerPC usen una ordre (anomenat grandian), mentre que els processadors de família Intel/AMD x86 usen el Ordre oposada (anomenat petitdian). Si es crea un fitxer de dades binari en una màquina i llegeix- lo Es requereix un altre que tingui l' ordre de bytes oposats, el mapa de bytes per obtenir els valors numèrics correctes. El lector de fitxers DSN6 assumeix que el fitxer s' ha escrit en grans bytes@ title: window Ordre. Es poden llegir fitxers DSN6 en màquines grans o petites. Tots els altres lectors de fitxers detecten l'ordre de fitxers i l'ordre dels bytes de la màquina, Després executeu un mapa de bytes si és necessari. @ info: whatsthis

Transformació quatreier . Només s' inclouen les magnituds dels components quatre més complexos en el nou conjunt de dades; les fases es descarta i el component constant s' estableix a zero. La caixa que conté la transformació de Quatreier (amb eixos en unitats d' espai recíproc) se centren en les dades originals Escalar i tenir el mateix volum total. Algunes propietats de les dades originals són evidents en la transformació de quatre més. Els components d'alta freqüència estan a prop de les vores de la caixa, Components de baixa categoria prop del centre. Les dades de volum normalment s' sobresamplen (vora mida dos a tres vegades més petites que la resolució de dades actual) i això fa que el canvi de quatre mésier Tenir valors no zeros només a la meitat o tercera de la seva caixa límit. També es pot veure la falda del microscopi tomograms que falten en el microscopi. Spikes radiant al llarg dels eixos principals de la transformació de quatreier són S' ha causat per no període de dades originals.

Algorisme de màscara . El volum de màscara s' ha calculat buscant les línies paral· lela a la projecció Eix Inscendeix a la superfície(s). Per a una línia donada, les dades de volum entre les 1r i 2n, 3r i 4t, 5a i 6,... punts d' intersecció s'inclouen en el volum de la màscara, Mentre els entre els 2on i 3r, 4t i 5h... s'exclouen (a menys que hi hagi superfícies encreuades o ni ni nimbricades) i Adverpillera està establert a true). El càlcul usa un conjunt de línies paral· leles que passen pels punts en una graella rectangular perpendicular a l' eix de la projecció. Si la projecció està al llarg d' un eix de dades (data X, Y, o Z), el Les línies passaran a través dels punts de la graella de les dades; d' altra manera, línies al llarg de l' eix de la projecció amb espaiat igual al mínimPropertyName L' espaiat de la graella s' usarà. Per a cada volum voxel, les interseccions de la línia de la graella més propera S' utilitza per determinar la inclusió en el volum de la màscara. Si hi ha un nombre estrany d'interseccions, llavors punts més enllà L'últim no s'inclou en el volum de emmascarada A menys que la sandvitx l' opció està establerta a fals. En el nou conjunt de dades, els valors fora de la regió emmascarada estan fixats a zero i els de dins estan establerts als valors de volum originals (per Màscara de volum ) o 1 (per el volum d' una màscara ). Els punts de la graella d' un volum calculat alini exactament amb els de el volum original, si n'hi ha.

Recurs UCF per a la biocomputació, visualització i formatic / gener 2023